Biología celular y del desarrollo
Acceso abierto

abstracto

Identificación computacional de genes relacionados con antocianinas utilizando datos transcriptómicos de plantas de arroz negro

Jae-Hyeon Oh, So-Youn Won, Jae-Hee Lee, Dong-Ho Shin y Chang-Kug Kim

Las antocianinas son un grupo de metabolitos secundarios responsables del color de las plantas y su actividad antioxidante se ha observado como un material que promueve la salud. Para identificar los genes responsables del enriquecimiento de antocianina en los granos de arroz negro, evaluamos la expresión de las transcripciones en cultivares de arroz blanco y negro utilizando el microarreglo 135K Oryza sativa y encontramos que los 3728 genes estaban asociados con la producción de pigmento de antocianina. Entre ellos, los 573 genes ortólogos conservados se identificaron mediante los análisis de COG y se compararon con la red de rutas de flavonoides existente. El análisis de la ruta enriquecida finalmente dio como resultado 53 candidatos para la biosíntesis de antocianinas. Estos genes se anclaron a los cromosomas del genoma del arroz para identificar sus posiciones en el mapa genético y se sometieron a la construcción filogenética junto con sus 31 secuencias de proteínas homólogas de A. thaliana, utilizando el método de máxima verosimilitud. Nuestros genes candidatos parecen desempeñar un papel regulador en la biosíntesis de antocianinas o estar relacionados con el metabolismo de las antocianinas.