Diario de Ensayos Clínicos
Acceso abierto

abstracto

Análisis integral de información biológica del gen PTEN en pancáncer

Hang Zhang†, Wenhan Zhou, Xiaoyi Yang, Shuzhan Wen, Baicheng Zhao, Jiale Feng, Bozhou Chen, Shuying Chen*

Antecedentes: PTEN era un gen supresor de tumores multifuncional que mutaba con alta frecuencia en una variedad de cánceres. Sin embargo, su expresión en pan-cáncer, genes correlacionados, pronóstico de supervivencia y vías reguladoras no se describieron por completo. Aquí, nuestro objetivo fue realizar un análisis exhaustivo desde las perspectivas anteriores para proporcionar una referencia para la aplicación clínica. Métodos: Estudiamos los niveles de expresión en cánceres utilizando datos de la base de datos TCGA y GTEx. Obtener diagrama de caja de expresión de la base de datos de UALCAN, realizar análisis de mutación en el sitio web de cBioportal, obtenido
genes de correlación en el sitio web de GEPIA, construyó una red de proteínas y realizó un análisis de enriquecimiento de KEGG y GO en la base de datos STRING y realizó un análisis de pronóstico en el sitio web de Kaplan-Meier Plotter. También realizamos la predicción del factor de transcripción en la base de datos PROMO y la asociación ARN-ARN/interacción ARN-proteína en el servidor web RNAup y RPISeq. La estructura 3D del gen, la secuencia de la proteína y el dominio conservado se obtuvieron de NCBI.
Resultados: PTEN se subexpresó en todos los cánceres que estudiamos. Estaba estrechamente relacionado con la etapa clínica de los tumores, lo que sugiere que la PTEN puede estar involucrada en el desarrollo y la progresión del cáncer. Las mutaciones de PTEN estaban presentes en una variedad de cánceres, la mayoría de los cuales eran mutaciones de truncamiento y mutaciones sin sentido. Entre los cánceres (KIRC, LUAD, THYM, UCEC, cáncer gástrico, cáncer de hígado, cáncer de pulmón, cáncer de mama), los pacientes con baja expresión de PTEN tenían un tiempo de SG más corto y un peor pronóstico de SG. La baja expresión de PTEN puede causar el deterioro de RFS en ciertos cánceres (TGCT, UCEC, LIHC, LUAD, THCA), lo que sugiere que la expresión de PTEN estaba relacionada con el pronóstico clínico. Nuestro estudio identificó genes correlacionados con PTEN y realizó un análisis de enriquecimiento de GO en 100 genes relacionados con PTEN obtenidos del sitio web de GEPIA. Conclusión: La comprensión del gen PTEN y la exploración en profundidad de sus vías reguladoras relacionadas pueden proporcionar información para el descubrimiento de biomarcadores específicos de tumores y posibles dianas terapéuticas clínicas.