Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Comparación de hidrofóbicos, lipofílicos y inmunodepleción Pre- Métodos de fraccionamiento para LC-MS/MS sin etiquetas Identificación de Biomarcadores en líquido cefalorraquídeo humano

Sylvain Lehmann, Jérôme Vialaret, Martial Seveno, Laurent Tiers, Audrey Gabelle y Christophe Hirtz

Antecedentes: El análisis proteómico del líquido cefalorraquídeo (LCR) humano es una herramienta importante para identificar nuevos biomarcadores de enfermedades neurológicas. Sin embargo, la complejidad y el amplio rango dinámico del LCR representan un desafío importante para detectar biomarcadores específicos de baja abundancia. Una forma de superar este problema es confiar en diferentes técnicas de fraccionamiento previo. Sin embargo, queda por determinar cuál es la técnica más relevante.

Métodos: este estudio comparó tres métodos diferentes de prefraccionamiento bien conocidos: inmunodepleción de proteínas principales (Seppro® IgY14), extracción en fase sólida hidrofóbica (Oasis® HLB) y concentración de sorbente lipofílico (Liposorb™). El LCR no fraccionado y prefraccionado se digirió con tripsina y se analizó mediante RP-LC-MS/MS con un espectrómetro de masas OrbitrapTM. Documentamos el número de péptidos detectados y los conjuntos de proteínas identificados. Los experimentos se repitieron para minimizar la variabilidad preanalítica y analítica.

Resultados: en comparación con LCR no fraccionado, OASIS® El método de LCR fraccionado HLB mostró un aumento significativo del 28 % en el número total de proteínas identificadas, mientras que el método Liposorb™ la captura resultó en una disminución significativa del 46%. Curiosamente, los resultados basados en el número de péptidos detectados fueron diferentes. También evaluamos la capacidad de estos métodos de prefraccionamiento para detectar diferentes proteínas en términos de su peso molecular, punto isoelectroforético (IEP) o naturaleza. Cada uno de estos métodos de fraccionamiento previo identificó un subconjunto específico de proteínas, en comparación con LCR no fraccionado y/u otros métodos. Esto fue particularmente obvio para el sorbente lipofílico, que permitió la detección de muchas lipoproteínas.

Conclusión: el análisis directo del LCR digerido condujo a la identificación de varias proteínas a pesar de la complejidad de la matriz. Como era de esperar, los métodos de prefraccionamiento únicos que se pueden incluir en flujos de trabajo simples y rentables produjeron diferencias significativas en términos de número o rango de proteínas identificadas. Esto sugiere que un solo método de fraccionamiento previo no puede cubrir la gama completa de especies de proteínas presentes en una muestra compleja.