Revista de métodos de diagnóstico médico
Acceso abierto

abstracto

Comparación de los métodos de extracción de ADN de tejido fijado en formalina e incluido en parafina y su impacto en los ensayos de mutación basados en PCR en tiempo real

Kiran T Malhotra, Uday Gulati, Bonnie Balzer y Helen Y Wu

En esta nueva era de atención personalizada del cáncer, las pruebas moleculares para mutaciones somáticas desempeñan un papel cada vez más importante en las decisiones de tratamiento para muchas terapias dirigidas contra el cáncer. Las muestras de tejido fijado en formalina e incluido en parafina (FFPET) siguen siendo la fuente típica de ácido nucleico para dichas pruebas. Debido a que la fijación con formalina puede dañar los ácidos nucleicos y muchas muestras de tumores son pequeñas, obtener una cantidad suficiente de ADN de alta calidad para las pruebas de mutación puede ser un desafío. Dadas estas variables preanalíticas, la disponibilidad de un método estandarizado y bien validado para aislar el ADN de tales tipos de muestras es fundamental. Comparamos dos kits comerciales ampliamente disponibles para el aislamiento de ADN (cobas DNA Sample Preparation Kit de Roche Molecular Systems y QIAamp DNA FFPE Tissue Kit de Qiagen) utilizando 120 muestras FFPET de una variedad de tipos de tumores (melanoma, tiroides, colorrectal, pulmón, mama y cáncer de ovario) y examinó los efectos de los diferentes métodos de aislamiento de ADN en el rendimiento posterior de los ensayos basados en PCR en tiempo real para mutaciones BRAF, KRAS y EGFR. Aunque los dos métodos proporcionaron cantidades de ácido nucleico comparables, el método cobas copurificó significativamente menos ARN (p<0,001) según lo determinado al comparar los rendimientos de ADN antes y después del tratamiento con RNasa. La presencia de ARN en el ADN extraído se asoció con un ciclo de umbral retrasado (Ct) en las pruebas de mutación basadas en PCR en tiempo real. El método cobas arrojó constantemente una cantidad suficiente de ADN purificado en una variedad de tipos de tumores y tamaños de muestras para las pruebas de detección de mutaciones por PCR en tiempo real sin requerir un paso adicional de tratamiento con RNasa.