Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Estudio comparativo de la eficiencia de tres programas de acoplamiento proteína-ligando

Abdelouahab Chikhi y Abderrahmane Bensegueni

Los enfoques de optimización de plomo basados en estructuras desempeñan un papel cada vez más importante en el proceso de descubrimiento de fármacos. El cribado virtual mediante acoplamiento molecular se ha convertido en un enfoque ampliamente utilizado para liderar el descubrimiento en la industria farmacéutica cuando se dispone de una estructura de alta resolución del objetivo biológico de interés. Se estudia el rendimiento de tres programas de acoplamiento (Arguslab, Autodock y FlexX) para la detección de bases de datos virtuales. Autodock y FlexX son paquetes comerciales bien establecidos, mientras que Planaria Software distribuye gratuitamente Arguslab para plataformas Windows. Se llevan a cabo comparaciones de estos programas de acoplamiento y funciones de puntuación utilizando un conjunto de datos grande y diverso de objetivos y compuestos activos farmacéuticamente interesantes. Nos centramos en el problema del acoplamiento y la puntuación de compuestos flexibles que son estéricamente capaces de acoplarse en una conformación rígida del receptor. Las estructuras tridimensionales de un conjunto cuidadosamente elegido de 126 complejos proteína-ligando farmacéuticamente relevantes se utilizaron para el estudio comparativo. Se ha demostrado que la metodología Autodock produce constantemente enriquecimientos superiores a los dos métodos alternativos, mientras que FlexX supera en gran medida a Arguslab.