Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Análisis comparativo de secuencias en diferentes cepas del virus de la influenza porcina subtipo H1N1 para neuraminidasa y hemaglutinina

Deepak Kumar Sharma, Anil Kumar Rawat, Shipra Srivastava, Rajeev Srivastava y Ajay Kumar

La gripe porcina es una enfermedad infecciosa de cerdos y humanos, que causa una gran cantidad de muertes a ambos. El objetivo de este estudio fue analizar la posibilidad de mutación del virus de la influenza porcina subtipo A/Swine/Nebraska/(H1N1) de cerdos de Nebraska. Las secuencias de aminoácidos H1N1 de neuraminidasa (GenBank Acc. No: ABR28650) y hemaglutinina (GenBank Acc. No: ABR28647) se analizaron en busca de mutaciones utilizando los programas BLASTP y ClustalW. Nuestro análisis in silico predijo que la hemaglutinina y la neuraminidasa del virus de la influenza porcina son sensibles a mutaciones en las posiciones 225, 283 y 240, 451 respectivamente. Estas mutaciones fueron significativas por su carácter patogénico ya que están implicadas en el cambio de polaridad o hidrofobicidad. La búsqueda de dominios y motivos muestra que se detectaron mutaciones en NA (T240A, G451S) y HA (I283V) en un sitio predicho de N-miristoilación. El análisis de estructura secundaria predijo que no se observaron cambios de conformación estructural en HA y NA en las posiciones 225, 283 y 240, 451 respectivamente. El programa PROTMUTATION fue desarrollado en programación Perl CGI utilizando el algoritmo de Needleman-Wunsch para la alineación de secuencia global. Este programa se utilizó para monitorear las mutaciones y predice la tendencia de las mutaciones.