Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Investigación comparativa de las técnicas utilizadas para el refinamiento del modelo de homología Mtr

Vivek Kumar, Debra Meyer y Namrita Lall

El modelo de homología Mtr requiere un refinamiento estructural para las regiones erróneas que no están alineadas correctamente con la plantilla. En este estudio, se compararon los métodos de refinamiento: LM, MDS, 3Drefine, GalaxyRefine y FG-MD. El diagrama de errores mostró un aumento gradual en el factor de calidad general de ~96 % con LM, mientras que hubo un incremento abrupto de >90 % para MDS, GalaxyRefine y FG-MD. En el caso de LM, la compatibilidad de estructuras disminuyó a ~53 %, mientras que aumentó a >74 % en el caso de MDS y GalaxyRefine. El diagrama de Ramachandran mostró residuos en la región favorecida movilizados a regiones permitidas y atípicas en LM, lo que condujo a un aumento del 3,5 % de residuos atípicos. De manera similar, 3Drefine y FG-MD también mostraron un aumento en los residuos atípicos. Por el contrario, se observa que el porcentaje de residuos disponibles en las regiones favorecidas y atípicas se moviliza hacia la región permitida en el caso de MDS y GalaxyRefine, lo que conduce a una disminución de los residuos atípicos. Además, la puntuación de similitud como RMSD, TM-score, MaxSub score y GDT-TS se observaron mejor en el caso de 3Drefine, GalaxyRefine y FG-MD. La puntuación z de ProSA también mostró alrededor de -8 y estabilidad en los pliegues de proteínas para MDS, 3Drefine, GalaxyRefine y FG-MD. El estudio actual es un prototipo que representa la comparación de los métodos utilizados, enfatizando que las técnicas basadas en MD deben usarse para el refinamiento estructural.