Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Análisis in silico comparativo de la secuencia del gen de la proteína de cubierta parcial del virus del mosaico amarillo del calabacín que infecta a la calabaza de verano (Cucurbita pepo L.) aislada de la India

Sharma Neha, Bhardwaj Satya Vrat, Jarial Kumud, Thakur PD, Kaur Rajinder y Handa Anil

El virus del mosaico amarillo del calabacín (ZYMV; Familia: Potyviridae, Género: Potyvirus) es un virus grave que infecta a la calabaza de verano y causa graves daños tanto a la producción de cultivos como de cucurbitáceas ornamentales. En el presente estudio, se llevó a cabo la caracterización molecular de ZYMV (a nivel genómico y proteómico) que infecta calabazas de verano y se amplificó cDNA de aproximadamente 700 pb. El producto amplificado por PCR se secuenció y analizó adicionalmente. Se determinó la secuencia de la proteína de cubierta parcial de 154 nucleótidos del aislado indio del virus del mosaico amarillo del calabacín (ZYMV) y se tradujo a proteínas. Más tarde, la secuencia se envió a NCBI y obtuvo el número de acceso. GU144796 con ID de proteína ACZ36948. En el análisis BLASTN, la secuencia de prueba de nucleótidos mostró una homología del 91 % con D13914 (secuencia de EE. UU.), mientras que la secuencia de prueba de proteínas fue homóloga en un 75,9 % en el análisis BLASTP con varias secuencias de proteínas presentes en la base de datos. La puntuación de alineación de la secuencia de prueba con otros 67 aislamientos de ZYMV recuperados de la base de datos del NCBI fue la más alta para EE. UU. entre varios países y la más baja para China en el caso de los nucleótidos y Corea en el caso de las proteínas. El análisis filogenético reveló similitud de la secuencia del virus de prueba con un ZYMV CP de EE. UU. (D13914) y similitud de la secuencia de poliproteína parcial con la de Japón (BAE75935). Se encontró que el dominio conservado del virus de prueba mostraba homología con la colección de alineación del dominio de la proteína de cubierta de potyvirus (pfam00767). La digestión de restricción computacional reveló que 22 enzimas de restricción diferentes restringen el presente aislado de ZYMV. Se predijeron estructuras secundarias para la poliproteína del virus de prueba que infirieron el dominio de la hélice alfa (a) en la secuencia de la proteína.