Revista de glucómica y lipidómica
Acceso abierto

abstracto

Genómica comparativa: desde secuencias genómicas hasta biología genómica

Michael Y. Galperín

La biología genómica tiene como objetivo utilizar las secuencias genómicas completas para reconstruir todas las vías metabólicas y de señalización que podrían operar en los organismos diana e identificar los centros reguladores probables y los posibles objetivos farmacológicos. Dicho análisis requiere una anotación funcional completa de todas las proteínas codificadas en cada genoma secuenciado. El análisis de secuencia estándar normalmente no proporciona una asignación funcional (confiable) para al menos un tercio de los genes, incluso en los genomas procarióticos relativamente pequeños. Como resultado, la genómica comparativa tiene que lidiar con el número cada vez mayor de "hipotéticos" Proteínas cuyas funciones aún se desconocen. Esta charla discutirá el uso de la genómica comparativa para mejorar nuestra comprensión de las vías metabólicas y de señalización microbianas, incluidos algunos ejemplos recientes de identificación de "falta"; enzimas y predicción de variantes enzimáticas alternativas. Mostrará que el número de verdaderos enigmáticos "hipotéticos conservados" Las proteínas son relativamente pequeñas, particularmente en los genomas reducidos de las bacterias patógenas, lo que sugiere que la mayoría de sus funciones celulares ya se tienen en cuenta. Por el contrario, el número de genes no caracterizados en los organismos de vida libre sigue siendo bastante grande y sus funciones siguen siendo oscuras. Nuestra hipótesis actual es que muchos de estos genes tienen funciones de “limpieza de la casa” función, que es casi tan importante como el mantenimiento de la casa, en particular para las bacterias aerobias y las células eucariotas. También discutiremos brevemente cómo se podría usar la genómica comparativa para identificar objetivos prioritarios para futuras investigaciones y los desafíos en la caracterización de sus funciones