Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Análisis filogenético genómico y proteómico comparativo del aislado indio de la secuencia del gen de la proteína de la cubierta parcial del mosaico amarillo del calabacín (ZYMV) utilizando minería de datos

Neha Sharma, Satya Vrat Bhardwaj, Anju Sharma, Manica Tomar, Rajinder Kaur, Pritam Dass Thakur y Anil Handa

Se identificó una enfermedad viral en plantas de calabaza de verano (Cucurbita pepo L.) en el estado montañoso de Himachal Pradesh ubicado en las regiones del noroeste del Himalaya, mostrar síntomas como mosaico, coloración amarillenta, hormigueo de las hojas y atrofia de las plantas e infección en la etapa temprana de la cosecha podría causar una reducción de hasta el 94 por ciento de los frutos comercializables de la calabaza de verano. En el presente estudio se identificó y caracterizó el virus causal en base a ELISA, RT-PCR y Filogenia. El gen CP parcial fue amplificado y secuenciado. Para los estudios filogenéticos, se recuperaron del NCBI 67 secuencias de nucleótidos y 67 de poliproteínas de ZYMV pertenecientes a diferentes países. El análisis filogenético basado en secuencias de nucleótidos y proteínas de cada país utilizando los métodos de máxima verosimilitud (ML), unión de vecinos (NJ), máxima parsimonia (MP) y método de promedios aritméticos de grupos de pares no ponderados (UPGMA) se logró a través de phylip 3.68 y EXOMETM HORIZON, que reveló una similitud del 91 % de la secuencia de nucleótidos del virus de prueba con la secuencia CP del ZYMV de EE. UU. (D13914) y una similitud del 75,9 % con la secuencia de poliproteína parcial de Japón (BAE75935).