Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Análisis comparativo de la sustitución sinónima y no sinónima de las proteínas de la cápside del virus del herpes humano

Vipan Kumar Sohpal, Apurba Dey y Amarpal Singh

La diferencia entre los cambios entre secuencias no sinónimas (dN) y sinónimas (dS) se calcula para ensayar la dirección de la evolución. En este artículo, comparamos especies de HHV de cepas estrechamente relacionadas, codón por codón utilizando análisis de máxima verosimilitud y el tiempo de divergencia de las dos secuencias. Demostramos que un modelo de sustitución proporciona hipótesis de evolución cuando se comparan especies estrechamente relacionadas. El efecto de la relación de transición/transversión y la prueba exacta de Fischer están en dN-dS (p-distancia), y también se discuten los problemas asociados con estos conceptos para HHV. Aplicamos métodos sobre la secuencia de la proteína de la cápside de HHV-1 y HHV-2 para realizar análisis detallados de las estructuras de la cápside y proporcionar la mejor evidencia de una evolución. Concluimos que los modelos de sustitución, dN-dS, el tiempo de divergencia y la transición/transversión tienen un papel fundamental para estudiar la evolución.