Revista de Inmunología Clínica y Celular
Acceso abierto

abstracto

Análisis comparativos de tecnologías de tipificación HLA de resolución baja, media y alta para poblaciones humanas

Malali Gowda, Sheetal Ambardar, Nutan Dighe, Ashwini Manjunath, Chandana Shankaralingu, Pradeep Hirannaiah, John Harting, Swati Ranade, Latha Jagannathan y Sudhir Krishna

Los genes que codifican el antígeno leucocitario humano (HLA) forman parte del complejo principal de histocompatibilidad (MHC) en el cromosoma 6 humano. las regiones más polimórficas del genoma humano. El conocimiento previo de los polimorfismos alélicos de HLA es clínicamente importante para hacer coincidir al donante con el receptor durante el trasplante de órganos/tejidos. La información alélica de HLA también es útil para predecir respuestas inmunitarias a varias enfermedades infecciosas, trastornos genéticos y condiciones autoinmunes. India alberga a más de mil millones de personas y su población no está explotada por la diversidad alélica de HLA. En este estudio, exploramos y comparamos tres métodos de tipificación de HLA para la población del sur de la India, utilizando cebadores específicos de secuencia (SSP), NGS (Roche/454) y plataformas de secuenciación de molécula única (PacBio RS II). Se tipificaron más de 1020 muestras de ADN a baja resolución utilizando el método SSP para determinar los principales alelos HLA dentro de la población del sur de la India. Estos estudios fueron seguidos con tipificación HLA de resolución media de 80 muestras basadas en secuencias exónicas en el sistema de secuenciación Roche/454 y tipificación de alta resolución (6-8 dígitos) de 8 muestras para alelos HLA de genes de clase I (HLA-A, B y C) y genes de clase II (HLA-DRB1 y DQB1) utilizando la plataforma PacBio RS II. Las lecturas largas proporcionadas por la tecnología SMRT cubrieron los genes/alelos completos de clase I y clase II en lecturas contiguas, incluidas regiones no traducidas, exones e intrones, que proporcionaron información de SNP en fases. Hemos identificado tres nuevos alelos de los datos de PacBio que fueron verificados por secuenciación Roche 454. Este es el primer estudio de caso de tipificación HLA utilizando tecnologías NGS de segunda y tercera generación para una población india. La plataforma PacBio es una plataforma prometedora para la tipificación de HLA a gran escala para establecer una base de datos de HLA para las poblaciones étnicas sin explotar de la India.