Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

El agrupamiento de picos espectrales de masas aumenta la precisión del reconocimiento y la estabilidad de la selección de funciones basada en SVM

Mikhail Pyatnitskiy, Maria Karpova, Sergei Moshkovskii, Andrey Lisitsa y Alexander Archakov

La elaboración de perfiles espectrales de masas de suero o plasma es una de las herramientas más utilizadas para crear sistemas de diagnóstico experimentales para diferentes tipos de cáncer. En este enfoque, un conjunto de picos discriminatorios sirve como un biomarcador de cáncer multiplex. Por lo tanto, la selección adecuada de picos es una etapa crucial en el desarrollo de la regla de diagnóstico. En el presente documento, proponemos utilizar la selección de funciones de filtro secuencial y envoltura en un esquema completo de validación cruzada con la selección de funciones realizada en cada ejecución de validación cruzada por separado. La selección de funciones de filtro está representada por un análisis de conglomerados jerárquicos; La eliminación recursiva de funciones junto con la máquina de vectores de soporte se utiliza como un método de selección de funciones de envoltura. El rendimiento del método se demuestra en un conjunto de datos obtenido previamente con cáncer de ovario y sueros no cancerosos. La aplicación de nuestro enfoque condujo a un aumento leve pero estadísticamente significativo en la precisión. La agrupación de picos favoreció resultados más estables de selección de características y proporcionó un significado biológico a los valores m/z seleccionados. Recomendamos la agrupación de picos como una reducción de la dimensionalidad del filtro para su uso posterior en estudios de espectros de masas.