Revista de métodos de diagnóstico médico
Acceso abierto
ISSN: 2168-9784
ISSN: 2168-9784
Ferber MJ, Peterson LM, Blommel JH, Fadra NM, Thomas BC y otros
Antecedentes: La aplicación de la secuenciación de próxima generación (NGS) está revolucionando la industria del diagnóstico molecular clínico. Mientras esto ocurre, las pautas para validar los procesos NGS son limitadas, no específicas y evolucionan rápidamente. Los proyectos de validación de NGS son complejos y costosos, por lo que los experimentos de validación se deben considerar detenidamente y asegurarse de que se cumplan todos los requisitos reglamentarios actuales y en evolución.
Métodos: validamos un proceso de pruebas genéticas integral para un panel NGS de cáncer colorrectal hereditario de 16 genes. El flujo de trabajo global se diseñó para proporcionar datos de secuenciación de alta calidad para el 100 % de nuestras regiones objetivo. Los parámetros del ensayo evaluados fueron exactitud, precisión, rango notificable, rango de referencia, sensibilidad analítica y especificidad analítica.
Resultados: se realizaron cinco análisis de instrumentos, que abarcaron 115 muestras, a través de una validación de proceso de extremo a extremo. La precisión general de la parte NGS del ensayo fue del 99,98 %. La precisión de detección de variantes de un solo nucleótido fue del 100 %. La precisión de detección de la variante de inserción/deleción (INDEL) fue del 100 % para INDEL de uno a ocho nucleótidos y del 97 % en general (rango de uno a 14 nucleótidos) por NGS. No hubo falsos negativos dentro de nuestro conjunto de datos para una sensibilidad del 100 %.
Conclusión: Dada la relativa novedad de NGS en el entorno clínico y la guía externa en rápida evolución, los laboratorios clínicos deben desarrollar sus propias estrategias para diseñar, desarrollar, validar e implementar ensayos de NGS. Nuestras experiencias destacan una estrategia elegida, así como algunos de los beneficios y limitaciones de NGS.