Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Clasificación de las clases estructurales de proteínas utilizando aminoácidos de isoluecina y lisina

K. Manikandakumar, K. Gokul Raj, R. Srikumar y S. Muthukumaran

La exploración de la organización estructural de las proteínas es esencial para comprender los mecanismos del plegamiento y la función de las proteínas, y para comprender mejor la evolución de las proteínas . La comparación de la estructura de proteínas puede proporcionar información útil sobre la función biológica de una proteína y puede implicar relaciones evolutivas entre proteínas con una similitud de secuencia baja. Se espera que la biología estructural y la genómica estructural produzcan muchas estructuras proteicas tridimensionales en un futuro próximo. Cada nueva estructura plantea interrogantes sobre su función y evolución. La clasificación funcional y evolutiva correcta de una nueva estructura es difícil para proteínas lejanamente relacionadas y es propensa a errores utilizando puntajes estadísticos simples basados en la similitud de secuencia o estructura. El objetivo de este estudio es clasificar las clases estructurales de proteínas utilizando residuos de aminoácidos clave como la isoluecina (I) y la lisina (K), sin representaciones matemáticas o estadísticas complicadas. La clasificación de la clase estructural se basa en la agrupación de 20 aminoácidos diferentes con la comparación de los residuos de aminoácidos de isoluecina y lisina únicamente. La combinación de agrupación de aminoácidos con la comparación de aminoácidos individuales representará clases estructurales de las secuencias de proteínas dadas. Esta técnica se prueba en 40801 (incluidas las cadenas laterales, es decir, cadena A, B, 1, 2, etc.) proteínas pertenecientes a 67 familias diferentes seleccionadas al azar de las clases de proteínas All Alpha, All Beta, Alpha plus Beta y Alpha by Beta con la estructura primaria de proteína plana solamente. La tasa de clasificación se logra con una precisión del 52%. Este método es una alternativa para la determinación experimental de la clasificación estructural a partir de cristalografía de rayos X o espectroscopia de RMN, etc.