Revista internacional de minería de datos biomédicos
Acceso abierto
ISSN: 2090-4924
ISSN: 2090-4924
Natalia Bernardi Videira
Abstracto
Peroxisome Proliferator Activated Receptors delta (PPARδ) se ha asociado con procesos fisiopatológicos, como inflamación, obesidad, dislipidemia, diabetes, cáncer y enfermedades cardiovasculares, siendo considerados como nuevas dianas terapéuticas para estos procesos. Aquí, desarrollamos y establecimos una forma de realizar un examen para impulsar los agonistas de PPARδ. Utilizamos metodologías capaces de identificar nuevas moléculas a partir de bibliotecas de compuestos, que pueden funcionar como ligando de este receptor. El primer paso en esta proyeccióntubería es un ensayo de transactivación celular válido, como la búsqueda principal de compuestos potenciales. Desarrollamos un ensayo basado en una tecnología de genes informadores de transactivación celular, realizado en una microplaca de 96 pozos con el apoyo de una pipeta automática. La metodología de validación aplicada fue una combinación de un ensayo de cambio térmico, utilizado para verificar si los compuestos o componentes del extracto seleccionados en el ensayo de transactivación estabilizan la estructura terciaria de PPARδ; junto con un ensayo de extinción de ANS, que verifica si el compuesto se une al bolsillo de unión del ligando hidrofóbico de PPARδ. Además, la calidad de la detección celular de alto rendimiento(HTS) en estabilidad y confiabilidad fue evaluado por el factor Z, y se utilizó una biblioteca de extractos naturales para validar el método desarrollado. Los resultados sugirieron que desarrollamos una tubería capaz de buscar compuestos o extractos factibles y lo suficientemente robustos para medir la activación de PPARδ, la estabilización de la estructura terciaria y la unión de ligandos. Como ejemplo, podríamos encontrar un extracto de planta que contiene moléculas interesantes, capaces de unir y activar PPARδ. En conclusión, esta tubería presentó más eficacia en comparación con la detección de activación única, porque puede excluir falsos positivos que pueden promover la activación indirecta de PPARδ, sin interacción física con el receptor. Finalmente, este enfoque puede mejorar la efectividad de la detección de agonistas dirigidos a PPARδ para el desarrollo de fármacos.
Introducción
El receptor beta/delta activado por el proliferador de peroxisomas (PPARß/δ) es un factor de registro activado por lípidos, que es un individuo de la superfamilia de receptores atómicos (NR) que dirige el inicio o silenciamiento de algunas cualidades objetivas. PPARß/δ se transmite universalmente en las personas, aunque se encuentra principalmente en la piel, la placenta, el cerebro, el hígado, los riñones, el bazo, el músculo esquelético graso y el cilindro relacionado con el estómago.
PPARß/δ está asociado con algunas vías metabólicas, por ejemplo, digestión de vitalidad, homeostasis, adipogénesis y digestión de lípidos. Algunos estudios han recomendado que el ajuste de PPARß/δ por parte de los agonistas determina el consumo de alimentos, el peso corporal, la sensibilidad a la insulina, la adiposidad y el peso. Asimismo, se ha relacionado con diferentes formas fisiopatológicas, por ejemplo, irritación, sobrepeso, dislipidemia, diabetes, malignidad y enfermedades cardiovasculares. PPARß/δ también ha representado funciones extrametabólicas que incluyen efectos neuroprotectores contra enfermedades mentales, como esclerosis múltiple, accidentes cerebrovasculares, enfermedad de Alzheimer y enfermedad de Parkinson, y actúa en la separación y expansión celular, guía invulnerable, presión oxidativa y ciencia de la piel .
La variedad decente en el trabajo de PPARß/δ se ha identificado con su capacidad para obligar y unir varios ligandos en su área de restricción de ligandos (LBD), con una amplia gama de ligandos regulares y diseñados. Entre los ligandos habituales se encuentran las grasas insaturadas, las prostaglandinas y los leucotrienos. Se han creado y presentado algunos agonistas de PPARß/δ explícitos de subtipo y de alta parcialidad para preliminares clínicos para el tratamiento de enfermedades metabólicas; de todos modos, no se ha hecho accesible ningún ligando para uso clínico.
Debido a la gran cantidad de personas afectadas por problemas relacionados con PPARß/δ, el desarrollo de ligandos explícitos para regular la acción del receptor adquiere una importancia increíble. Aquí, creamos y establecimos una tubería de detección razonable, menos costosa y sólida para la mejor prueba reconocible de los agonistas de PPARß/δ. En el paso inicial de esta tubería, mejoramos la medida de transactivación basada en células para que sea de 1 a 2 días más corta y con el uso de menos reactivos que los descritos recientemente, lo que reduce fundamentalmente los gastos en tiempo y dinero para la detección masiva .esfuerzos Además, conocimos dos técnicas de aprobación con esquivar falsos positivos: una prueba de movimiento en caliente (TSA) para verificar el ajuste de la estructura terciaria de PPARß / δ por parte de los competidores afectados, mostrando autoridad directa a la proteína, seguido de una prueba de extinción de fluorescencia ANS para decidir el compuesto /Extraer el gusto por el bolsillo hidrofóbico PPARß/δ.
Hasta este momento, la mayoría de las estrategias de detección de PPAR dependían claramente de las pruebas de transactivación, que es la convención más ampliamente reconocida y arraigada para medir la acción de los receptores atómicos. No obstante, esta estrategia puede permitir la elección de exacerbaciones positivas falsas que pueden activar PPARß/δ en un camino inverso sin propiedades agonistas. Para conquistar este agujero, proponemos una tubería donde la medida de transactivación es rastreada por exámenes biofísicos para confirmar que el compuesto se une legítimamente al bolsillo del ligando PPARß/δ.
Especialmente, los contrastes significativos en nuestra tubería en contraste con otras estrategias de transactivación de PPARß/δ propuestas son la disminución de la duración y el volumen de la prueba; el transportador celular; informatización; y la expansión de las técnicas de aprobación biofísica. Además, esta tubería se evaluó mediante agonistas explícitos de PPARß/δ (GW0742, GW501516 y L-165,041) y el factor -. En resumen, sugerimos que esta tubería es una herramienta estable, menos costosa, más rápida y cada vez más abundante para distinguir los agonistas de PPARß/δ y, además, probamos una biblioteca de elementos característicos contra la tubería creada.
Discusión
El motivo de nuestro examen fue delinear una tubería para buscar y representar a los agonistas de PPARß/δ a través de una evaluación esencial de transactivación más rápida y menos costosa, seguida por dos técnicas biofísicas, con la intención de evitar falsos positivos y seleccionar partículas o concentrados que vinculen e inicien PPARß directamente. /δ.
La decisión de la prueba de calidad del periodista de transactivación celular como la fase inicial de este proceso faculta a la evaluación para comenzar desde una perspectiva cada vez más fisiológica. Para esta situación, las partículas o concentrados elegidos deben saturar las capas celulares, encontrar y ligar al receptor, y adelantar su actuación. Aunque se han propuesto diferentes estrategias, por ejemplo, TSA, ANS y FRET, para evaluar el ligando oficial NR, consideramos que la medida de transactivación produce datos cuantitativos y útiles en un breve período de tiempo, lo que la convierte en una de las más aplicables y significativas. para la detección de compuestos y la divulgación de medicamentos aplicados a los NR. Mientras tanto, a pesar de que FRET in vitro es el menos exigente para montar un negociopaquetes, no se corresponde con las condiciones de la celda. La extinción de la fluorescencia de ANS también es menos costosa; A fin de cuentas, es arduo y requiere mucho tiempo para la detección de HTS, más allá de la forma en que es un enfoque in vitro. Además, a pesar de que la TSA está destinada a aplicarse en la detección de ligandos, no tiene en cuenta la fluorescencia innata de los concentrados regulares ni la alta hidrofobicidad de PPARß/δ LBD, que pueden interferir con la señal de fluorescencia. En resumen, TSA, ANS y FRET comparten los inconvenientes de las medidas biofísicas, ya que generalmente no se corresponden bien con las investigaciones in vivo.
En resumen, sugerimos que los exámenes de calidad del periodista de transactivación en cultivos celulares son las pruebas más similares, ya que hacen un mal uso de la ruta normal de señalización de los NR; cuando se agregan ligandos al marco, se activa el receptor y se produce la creación resultante de proteína columnista, que se puede estimar. De esta manera, las técnicas biofísicas pueden y deben usarse como avances adicionales en las tuberías de detección , ya que brindan datos significativos para la representación de impactos como la afirmación de restricción directa (TSA) y la evaluación consistente de separación (ANS y TSA). En correlación con FRET y Lantha-Screen, que pueden verse como menos costosos que los paquetes comerciales , estas estrategias de aprobación seleccionadas presentan el inconveniente de dar estimaciones tortuosas de coactivadores de resultados.