Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Optimización de tampón para el proteoma de Cynodon dactylon

Muhammad Tahir y Samina Noor Shakeel

La electroforesis en gel bidimensional (2D) es una poderosa técnica utilizada para el análisis diferencial de la expresión de proteínas. La electroforesis bidimensional de alta resolución sigue siendo la principal técnica de separación aplicada en proteómica. Una electroforesis en gel 2D exitosa depende de las condiciones optimizadas adecuadas, lo que es más importante, un tampón optimizado. En este estudio, verificamos diferentes factores que afectan los resultados del gel 2D, incluido el tiempo de rehidratación, los agentes reductores, los agentes caotróficos y los detergentes. Elegimos Cynodon dactylon como planta experimental. Las proteínas fueron extraídas y purificadas. Para la correcta solubilización de la muestra de proteína se aplicaron diferentes tampones de rehidratación de pH 3-10 con diferente cantidad de agentes caotróficos como urea y tiourea, detergentes (NP-40, Triton X-100 y CHAPS) y agentes reductores (β-merceptoetanol y TDT). Para mejorar aún más el perfil de proteínas en el gel 2D, las proteínas solubilizadas se volvieron a extraer, lavar y volver a solubilizar en un tampón de rehidratación fresco. Nuestro protocolo modificado mostró un alto aumento en la solubilidad de la proteína y una mejora en el perfil de gel 2D de la proteína para el proteoma de C. dactylon. En conclusión, hemos optimizado con éxito las condiciones para el análisis del proteoma de C. dactylon mediante electroforesis en gel 2D. Estas condiciones optimizadas sentarán las bases para estudios más profundos en el campo de la proteómica.