Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

BIOSPEAN: una herramienta gratuita para el procesamiento de espectros de espectrometría de masas de esporas/células intactas MALDI

Martin Raus y Marek & Scaron;ebela

Aquí presentamos el software BIOSPEAN, que es aplicable para el procesamiento de perfiles de péptidos/proteínas obtenidos a partir de la espectrometría de masas de esporas/células intactas MALDI. Ha sido desarrollado como una aplicación web utilizando tecnología común. El BIOSPEAN encuentra automáticamente picos en un espectro de masas. El principio de detección de pico implica un escaneo local de valores de intensidad alrededor de posiciones m/z individuales. Para hacer frente al nivel de ruido, se ajusta un umbral de relación señal/ruido para filtrar los resultados relevantes. Según el patrón de picos detectado, se puede realizar posteriormente una búsqueda de similitud en una base de datos espectral personalizada para la identificación de la muestra. Cuando se analiza un espectro comparándolo con una entrada de la base de datos, se calcula un valor de puntuación porcentual a partir del número de posiciones de pico idénticas encontradas (se les asigna una tolerancia de masa ajustable) dividido por el número de todos los picos detectados en el espectro analizado. Cada dos espectros también se pueden comparar de forma opuesta y se promedian ambos valores de puntuación. Los resultados de la búsqueda en la base de datos finalmente se ordenan en una tabla.