Investigación inmunológica
Acceso abierto
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Yongqun He, Zuoshuang Xiang
Antecedentes: Brucella spp. son bacterias intracelulares facultativas gramnegativas que causan brucelosis, una de las enfermedades zoonóticas más comunes que se encuentran en todo el mundo en humanos y en una variedad de especies animales. Si bien hay varias vacunas para animales disponibles, no existe una vacuna efectiva y segura para la prevención de la brucelosis en humanos. VIOLIN (http://www.violinet.org) es un sistema de análisis y base de datos de vacunas basado en la web que selecciona, almacena y analiza datos publicados de vacunas comercializadas y vacunas en ensayos clínicos o en investigación. VIOLIN contiene información de 454 vacunas o vacunas candidatas para 73 patógenos. VIOLIN también contiene muchas herramientas bioinformáticas para el análisis de datos de vacunas, la integración de datos y la predicción de objetivos de vacunas. Para demostrar la aplicabilidad de VIOLIN para la investigación de vacunas, VIOLIN se utilizó para el análisis bioinformático de las vacunas existentes contra Brucella y la predicción de nuevos objetivos de vacunas contra Brucella.
Resultados: VIOLIN contiene muchos programas de extracción de literatura (p. ej., Vaxmesh) que proporcionan un análisis en profundidad de la literatura sobre la vacuna contra la Brucella. Como resultado de la selección manual de literatura, VIOLIN contiene información para 38 vacunas contra Brucella o vacunas candidatas, 14 antígenos protectores de Brucella y 68 estudios de respuesta del huésped a las vacunas contra Brucella de 97 artículos revisados por pares. Estas vacunas de Brucella se clasifican en el sistema de ontología de vacunas (VO) y se utilizan para diferentes aplicaciones ontológicas. El programa de predicción de objetivos de vacunas VIOLIN basado en la web, Vaxign, se utilizó para predecir nuevos objetivos de vacunas contra Brucella. Vaxign identificó 14 proteínas de la membrana externa que se conservan en seis cepas virulentas de B. abortus, B. melitensis y B. suis que son patógenas en humanos. De las 14 proteínas de membrana, dos proteínas (Omp2b y Omp31-1) no están presentes en B. ovis, una especie de Brucella que no es patógena en humanos. Los datos de la vacuna de Brucella almacenados en VIOLIN se compararon y analizaron mediante el sistema de consulta VIOLIN.
Conclusiones: La curación bioinformática y la representación ontológica de las vacunas de Brucella promueve la clasificación y el análisis de las vacunas de Brucella existentes y los candidatos a vacunas. La predicción computacional de los objetivos de la vacuna Brucella proporciona más candidatos para el desarrollo racional de vacunas. El uso de VIOLIN proporciona un enfoque general que se puede aplicar para los análisis de vacunas contra otros patógenos y enfermedades infecciosas.