Revista de Proteómica y Bioinformática
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abstracto

Regresión bilineal para la cuantificación de 18O: Modelado a través del perfil de elución

Jeanette E. Eckel-Passow, Douglas W. Mahoney, Ann L. Oberg, Roman M. Zenka, Kenneth L. Johnson, K. Sreekumaran Nair, Yogish C. Kudva, H. Robert Bergen III y Terry M. Therneau

Motivación: Interpretar y cuantificar datos de espectrometría de masas etiquetados es complejo y requiere algoritmos automatizados, particularmente para perfiles proteómicos a gran escala. Aquí, proponemos el uso de regresión bilineal para cuantificar la abundancia relativa en el perfil de elución en un modelo unificado. El modelo de regresión bilineal aprovecha el hecho de que mientras los péptidos difieren en la abundancia general a lo largo del perfil de elución de manera multiplicativa, la abundancia relativa entre las muestras mixtas permanece constante a lo largo del perfil de elución. Describimos cómo aplicar modelos de regresión bilineal a datos etiquetados con isótopos estables de 18O, lo que permite la comparación directa de dos muestras simultáneamente. También se discute la interpretación de los parámetros del modelo. La tasa de incorporación del isótopo de marcaje se estima como parte del proceso de modelado y se puede utilizar como medida de la calidad de los datos. La aplicación se demuestra en un experimento controlado, así como en una mezcla compleja. Resultados: Los modelos de regresión bilineal permiten estimaciones de abundancia más precisas y exactas, en comparación con los métodos que tratan cada espectro de forma independiente, al tener en cuenta la abundancia de la molécula a lo largo de todo el perfil de elución, con una precisión aumentada uno a uno. dos órdenes de magnitud. Disponibilidad: http://mayoresearch.mayo.edu/mayo/research/biostat/splusfunctions.cfm.