Revista de química física y biofísica
Acceso abierto

abstracto

Sesgo en el análisis funcional de la escala del genoma de los factores de transcripción utilizando Datos del sitio de unión

Jair Zhou, Haixia Rachel Li y R. Krishna Murthy Karuturi

El análisis funcional a escala del genoma de un factor de transcripción se realiza asignando sus sitios de unión genómicos a los genes utilizando un criterio de proximidad seguido de un análisis de enriquecimiento para las categorías funcionales predefinidas, como las categorías GO. Puede resultar en una evaluación sesgada de la funcionalidad de los factores de transcripción. En vista del enorme trabajo realizado con este procedimiento y su simplicidad y eficacia, es importante comprender el sesgo en este procedimiento y los factores que lo influyen. Mostramos que el sesgo se origina en longitudes de genes, regiones intergénicas y densidad de genes muy variables. También demostramos que el sesgo depende de múltiples factores, como el criterio de proximidad y la elección de los parámetros asociados y la distribución de los sitios de unión del factor de transcripción. Además, proponemos un procedimiento basado en remuestreo llamado reFABS para un análisis funcional imparcial de los sitios de unión.