Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Aplicación de la Bioinformática en el Mejoramiento de Cultivos: Anotando el Gen putativo de resistencia a la roya de la soja Rpp3 para marcador de mejora Selección asistida

Okii D, Chilagane LA, Tukamuhabwa P y Maphosa M

A pesar de la amplia disponibilidad de información de secuencias de ADN disponible gratuitamente en línea, el desafío es convertir esta masa de datos en conocimiento que pueda aplicarse fácilmente en programas de mejoramiento de cultivos. El objetivo principal de este estudio fue anotar el locus Rpp3 en la soja para mejorar la selección asistida por marcadores (MAS) del cultivo. Los objetivos específicos fueron: (i) hacer anotación estructural y funcional del locus Rpp3 mapeado genéticamente en grupos de ligamiento (LG) - C2 y físico ubicado en el cromosoma 6 y (ii) generar nuevos marcadores vinculados a la resistencia a la roya para MAS en haba de soja. La secuencia de consulta de soja de interés se descargó de NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NW_003722736.1) y posteriormente se analizó con una variedad de herramientas bioinformáticas para capturar información sobre las características del gen Rpp3. El estudio encontró transposones de ADN como las repeticiones predominantes en la región genómica de soja analizada. Se predijo que 16 genes no superpuestos estaban estrechamente vinculados al marcador Satt460 y codificaban varias funciones a partir de los análisis BLASTx. Los genes 1 y 12 codifican funciones estructurales y enzimáticas, mientras que el gen 13 sugiere la movilización de proteínas de almacenamiento en las semillas. Los genes 6, 7 y 8 codifican la activación de la transcripción, mientras que el gen 10 es un desactivador de la transcripción. Había homología con los organismos modelo; Arabidopsis thaliana (dicotiledóneas) Cromosoma 5 como mejor acierto, con valor esperado (valor E) de 3e-128 y 76 % de identidad de secuencia con Oryza sativa japonica Cromosoma 2, Oryza sativa, con valor E de 2e-21 y 84 % identidad de secuencia Se diseñaron 15 secuencias cortas de cebadores aleatorios con 18-24 pares de bases para amplificar el gen Rpp3, los genes predichos y los intrones en el cromosoma 6 de la soja, aunque no se validaron en el estudio por razones económicas. Se recomiendan estudios similares sobre otros genes que confieren resistencia a la enfermedad de la roya para lograr una pirámide genética eficaz y acortar el ciclo de cultivo de la soja.