Investigación inmunológica
Acceso abierto
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Christopher P Toseland, Debra J Clayton, Helen McSparron, Shelley L Hemsley, Martin J Blythe, Kelly Paine, Irini A Doytchinova, Pingping Guan, Channa K Hattotuwagama y Darren R Flower
AntiJen es un sistema de base de datos centrado en la integración de datos cinéticos, termodinámicos, funcionales y celulares en el contexto de la inmunología y la vacunación . En comparación con su progenitor JenPep, la interfaz se ha reescrito y rediseñado por completo y ahora ofrece una variedad más amplia de métodos de búsqueda, incluida una búsqueda BLAST de nucleótidos y péptidos. En términos de datos archivados, AntiJen tiene una amplitud, profundidad y alcance más ricos y completos, y esto ha hecho que la base de datos aumente a más de 31 000 entradas. AntiJen proporciona el conjunto de datos más completo y actualizado de su tipo. Si bien AntiJen v2.0 mantiene un enfoque tanto en los epítopos de células T como de células B, su mayor novedad es el archivo de datos cuantitativos continuos sobre una variedad de interacciones moleculares inmunológicas. Esto incluye medidas termodinámicas y cinéticas de la unión de péptidos a TAP y al Complejo Mayor de Histocompatibilidad (MHC), complejos de péptido-MHC que se unen a receptores de células T, anticuerpos que se unen a antígenos proteicos e interacciones inmunológicas generales proteína-proteína. La base de datos también contiene datos de especificidad cuantitativa de bibliotecas de péptidos específicos de posición y datos biofísicos, en forma de coeficientes de difusión y números de copias de la superficie celular, en MHC y otras moléculas inmunológicas. Los usos de AntiJen incluyen el diseño de vacunas y diagnósticos, como tetrámeros y otros reactivos de laboratorio, además de ayudar a parametrizar el modelado bioinformático o matemático in silico del sistema inmunitario. Se puede acceder a la base de datos desde la URL: http://www.jenner.ac.uk/antijen.