Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Análisis de las proteínas de membrana en suero humano

Pham Duc Dan, Tran Thai Thuong, Pham Dinh Minh, Do Doan Loi, Nguyen Bich Nhi y Phan Van Chi

El suero y las proteínas de membrana son dos de los objetivos más atractivos para el análisis proteómico. Los estudios previos de proteínas de membrana tienden a centrarse en muestras de tejido, mientras que las investigaciones sobre proteínas de membrana en suero aún son limitadas. En este estudio, se han utilizado sueros humanos con albúmina e IgG empobrecidos para la separación del proteoma mediante SDS-PAGE. Después de la tinción, los geles con fracciones de proteína se cortaron y digirieron con tripsina. Las mezclas de péptidos extraídas de cada rebanada de gel se analizaron mediante cromatografía de nanolíquidos-espectrometría de masas de ionización por electropulverización (NanoLCESI-MS/MS). Las proteínas fueron identificadas por el software Mascot v1.8 y validadas por el software MSQuant v1.5. Como resultado, se estableció una base de datos que incluye 1216 proteínas de membrana, de las cuales 469 (38,6 %) proteínas de membrana con al menos un dominio transmembrana (TMD) se identificaron en base a tres aplicaciones diferentes de predicción transmembrana (Phobius, TMHMM y SOSUI). Estas proteínas se caracterizaron y clasificaron en diferentes categorías funcionales, como componente celular, función molecular y proceso biológico, en función de su función según Gene Ontology. Nuestros resultados sugieren que la proteómica de membrana permitirá más estudios de vías relacionadas con enfermedades y permitirá una mejor comprensión de los objetivos de los fármacos.