Revista de Proteómica y Bioinformática
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abstracto

Una visión de las características estructurales y funcionales de la farnesiltransferasa (PfFT) de Plasmodium falciparum 3d7: modelado comparativo y estudios de acoplamiento

Pradeep Kumar M, Kranthi Raj.K, D. Ramachandran, Pavan Kumar MNS, Radha Vaddavalli y P. Jhansi lakshmi

Se desarrolló un modelo tridimensional para la farnesiltransferasa (PfFT) de Plasmodium falciparum que no se ha resuelto empíricamente mediante rayos X cristalografía o RMN. Se utilizó el modelado de homología para la predicción de la estructura utilizando la proteína farnesiltransferasa 2ZIR 2.4 Å (Rata), y 1JCQ 2.3 Å (Humano) estructuras de cristalografía de rayos X de resolución moderada. El primero mostró una identidad de secuencia del 36 % y el último del 35 % con la proteína PfFT diana. El modelo 3D se generó utilizando Modeler en Discovery Studio 2.5. El refinamiento de energía también se llevó a cabo en el protocolo del modelador. El estudio de validación mostró que el 88,2% de los residuos (750) estaban en la región favorable. Además, se investigaron las afinidades de unión de algunos inhibidores frente a la proteína modelada usando GOLD. Los resultados mostraron que Arg-551, Tyr-824, Tyr-600 se encontraban entre los residuos que interactúan de PfFT con muchos de los inhibidores. Nuestros hallazgos podrían ser útiles para el diseño de inhibidores de PfFT nuevos y más potentes. .