Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Un análisis del conocimiento del epítopo relacionado con las micobacterias

Martin J Blythe, Qing Zhang, Kerrie Vaughan, Romulo de Castro Jr, Nima Salimi, Huynh-Hoa Bui, David M Lewinsohn, Joel D Ernst, Bjoern Peters y Alessandro Sette

Antecedentes: la tuberculosis, causada por la bacteria Mycobacterium tuberculosis, sigue siendo una de las principales causas de morbilidad y mortalidad por enfermedades infecciosas, y es responsable de más de 2 millones de muertes al año. Los informes sobre cepas extremadamente resistentes a los medicamentos (XDR) han aumentado aún más el sentido de urgencia para el desarrollo de nuevas estrategias para prevenir y tratar la TB. El conocimiento detallado de los epítopos reconocidos por las respuestas inmunitarias puede ayudar en el desarrollo de vacunas y diagnósticos, y proporciona herramientas importantes para la investigación básica. El análisis de los datos de epítopos correspondientes a M. tuberculosis también puede identificar lagunas en nuestro conocimiento y sugerir áreas potenciales para futuras investigaciones y descubrimientos. La base de datos de epítopos inmunitarios (IEDB) se compila principalmente a partir de fuentes bibliográficas y describe una amplia gama de organismos fuente, incluidos M. tuberculosis y otras especies de micobacterias. Descripción: Se realizó un análisis exhaustivo de los datos del IEDB sobre el género Mycobacteria. Se analizó la distribución de epítopos de anticuerpos/células B y células T en términos de su función efectora de tipo de célula de reconocimiento asociada y propiedades químicas. También se examinaron las diversas especies, cepas y proteínas de las que se derivó el epítopo. Las variables adicionales consideradas fueron el huésped en el que se definieron los epítopos, el estado de enfermedad de TB específico asociado con el reconocimiento de epítopos y el HLA asociado con la susceptibilidad a la enfermedad y las regiones endémicas también se examinaron. Finalmente, en base a estos resultados, se generaron conjuntos de datos de referencia estandarizados de epítopos micobacterianos. Conclusión: Todos los datos actuales de epítopos relacionados con la TB se catalogaron por primera vez a partir de la literatura publicada. El inventario resultante de más de mil epítopos diferentes debería resultar una herramienta útil para la amplia comunidad científica. También se identificaron lagunas de conocimiento específicas de los datos del epítopo de la TB. En resumen, se han definido pocos epítopos no peptídicos o modificados postraduccionalmente. Aparentemente, los epítopos más importantes se han definido a partir de solo el 7 % de todos los ORF, y los 30 antígenos proteicos más estudiados contienen el 65 % de los epítopos, lo que deja sin explorar la mayor parte del genoma de M. tuberculosis. También es evidente la falta de información relacionada con las cepas específicas de las que se derivan los epítopos. Finalmente, la generación de listas de referencia de epítopos de micobacterias también debería facilitar la futura investigación de vacunas y diagnóstico.