Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Un método preciso de predicción de islas genómicas para bacterias secuenciadas y Archaeal Genomas

Dongsheng Che, Han Wang, John Fazekas y Bernard Chen

Una isla genómica (GI) es un segmento genómico en un genoma huésped, y fue transferido de genomas donantes. Dado que las islas genómicas (IG) generalmente contienen genes importantes, como los genes de patogenicidad, la detección de IG se vuelve extremadamente crítica para la investigación médica y las aplicaciones industriales. Las herramientas de detección de GI computacionales anteriores usaban una o unas pocas características asociadas a GI y, por lo tanto, sufrían el problema de la baja precisión de predicción. Por lo tanto, existe una gran demanda de un enfoque sistemático que utilice múltiples fuentes para mejorar la precisión de la predicción de GI. En este documento, informamos el desarrollo de Genomic Island Hunter (GIHunter), una herramienta de software precisa para la detección de GI. GIHunter es un modelo de embolsado basado en árboles de decisión que utiliza ocho características asociadas a GI, como la composición de secuencias, la información de genes móviles y la integrasa. La comparación de métricas de rendimiento entre nuestro enfoque y otros métodos de predicción de GI existentes actualmente ha demostrado que nuestro enfoque es más preciso que otros enfoques. Hemos utilizado GIHunter para predecir IG en más de 2000 genomas procarióticos. También hemos visualizado nuestros GI previstos para que nuestros resultados previstos sean útiles y significativos para los estudios biomédicos. Nuestro programa GI GIHunter se puede obtener en: http://www.esu.edu/cpsc/che_lab/software/GIHunter. Nuestros resultados de predicción de IG están disponibles en nuestra base de datos de islas genómicas, que es: http://www5.esu.edu/cpsc/bioinfo/dgi.