Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Formación y elongación de la estructura secundaria del amplicón durante el proceso de secuenciación

Elham Davoudi-Dehaghani, Sirous Zeinali, Nejat Mahdieh, Atefeh Shirkavand y Hamideh Bagherian

Comprender el mecanismo exacto involucrado en diferentes procesos moleculares, como la replicación, la transcripción y la recombinación, así como mejorar las diferentes aplicaciones del ADN monocatenario, requiere aumentar nuestro conocimiento. con respecto a las diferentes propiedades de la estructura secundaria del ADN monocatenario. A pesar de algunos esfuerzos en este campo, nuestra comprensión del mecanismo exacto sigue siendo muy limitada. Durante nuestra investigación sobre la pérdida de audición, encontramos un resultado de secuenciación inusual para el exón 5 del gen TMC1 en un paciente sospechoso de tener una mutación en este gen. Se usó BLASTN para averiguar el origen del segmento adicional visto en el resultado de la secuenciación. Se utilizó el servidor web Mfold para investigar si la formación de estructuras secundarias del amplicón durante la secuenciación puede ser la causa de este alargamiento. Nuestra investigación sobre la secuencia de ADN reveló que la secuencia adicional era una repetición invertida de los primeros 270 nucleótidos insertados justo después de la secuencia del cebador inverso. Para investigar el origen de esta repetición, ejecutamos el producto PCR original en un gel de agarosa y no se observó aumento de tamaño. Esto sugirió que la repetición invertida se formó durante la secuenciación como resultado de la formación de estructuras secundarias y la subsiguiente extensión durante la secuenciación. A pesar de lo anterior, el servidor web Mfold no predijo esta estructura hipotética. Sin embargo, cuando enviamos el equivalente de ARN para esta secuencia, el servidor anterior sugirió la formación de varias estructuras secundarias en las que una de ellas era muy similar a la que se había predicho. La incapacidad de Mfold para predecir la estructura secundaria del ADN para nuestra secuencia puede estar en sus parámetros termodinámicos. Este hallazgo, durante la secuenciación del ADN, sugiere que la elongación del ADN monocatenario en presencia de dNTP y ADN polimerasa se puede utilizar como una nueva forma de estudiar la estructura secundaria en el ADN monocatenario.