Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Propiedades biofísicas de aminoácidos en la predicción estadística de la unión de péptido-MHC de clase I

Surajit Ray y Thomas B Kepler

Antecedentes: un paso clave en el desarrollo de una respuesta inmunitaria adaptativa a patógenos o vacunas es la unión de péptidos cortos a moléculas de histocompatibilidad mayor Complejo (MHC) para la presentación a los linfocitos T, que de ese modo se activan y se diferencian en células efectoras y de memoria. El diseño racional de vacunas consiste en parte en la identificación de péptidos apropiados para efectuar este proceso. Hay varios algoritmos actualmente en uso para hacer tales predicciones, pero están limitados a un pequeño número de moléculas MHC y tienen un poder de predicción bueno pero imperfecto. Resultados: Hemos emprendido una exploración del poder obtenido al aprovechar una representación natural de los aminoácidos en términos de sus propiedades biofísicas. Usamos varios clasificadores estadísticos bien conocidos usando una codificación ingenua de aminoácidos por nombre o una codificación por propiedades biofísicas. En todos los casos, la codificación por propiedades biofísicas conduce a errores de clasificación sustancialmente menores. Conclusión: la representación de aminoácidos utilizando algunas propiedades biofisioquímicas importantes proporciona una base natural para representar péptidos y mejora en gran medida la predicción de unión de péptido-MHC de clase I.