Revista de Proteómica y Bioinformática
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abstracto

AlbuVoid™ Junto con la digestión en perlas - Abordar los desafíos de Proteómica del suero

Haiyan Zheng, Caifeng Zhao, Meiqian Qian, Swapan Roy, Absari Arpa, Amenah Soherwardy y Matthew Kuruc

Para la investigación del cáncer, el suero y el plasma son tipos de muestras especialmente atractivos, ya que la recolección de sangre es común, simple y mínimamente invasiva. Sin embargo, las muestras de suero pueden ofrecer desafíos únicos en los análisis proteómicos de LC-MS. Los dos mayores desafíos son: 1) la gran abundancia de albúmina que representa aproximadamente el 50 % de la masa proteica total y 2) la resistencia proteolítica, en gran parte debido a la cantidad sustancial de glicoproteína, una modificación que manifiesta resistencia proteolítica. En este breve informe, describimos nuevos métodos que utilizan un producto basado en superficie/perlas, AlbuVoid™, que agota la albúmina a través de una selección negativa o una estrategia de anulación, reteniendo la gran cantidad del proteoma sérico restante en la perla. A continuación, combinamos este enriquecimiento novedoso con una integración directa y perfecta con la digestión con tripsina, un método conocido convencionalmente como digestión en perlas. Evaluamos el tiempo de digestión como un parámetro para identificar si se pueden observar diferentes subpoblaciones de péptidos y proteínas mediante análisis de LC-MS. Usando 2 tiempos de digestión asignados diferentes: 4 horas y durante la noche, cada uno con una ejecución única de LC-MS de gradiente de 3 horas, se observaron entre 400 y 500 proteínas totales para sueros humanos y de rata, con subpoblaciones superpuestas y distintas observables en cada uno. tiempo de digestión. Estos resultados respaldan que los métodos descritos obtienen eficiencias sobre otros flujos de trabajo de agotamiento de alta abundancia y digestión en solución. Solicitamos que dichos flujos de trabajo minimicen muchas de las inconsistencias de la hidrólisis proteolítica tanto para el descubrimiento como para aplicaciones proteómicas séricas cuantitativas.