Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

AC2DGel: análisis y comparación de geles 2D

Amit Kush y G.P.S. Raghava

La electroforesis en gel bidimensional puede recuperar información sobre miles de proteínas diferentes a partir de una muestra de proteína cruda. Uno de los principales desafíos en el campo de la proteómica es extraer la máxima información de los geles 2D. En este estudio, desarrollamos un servidor web para el análisis y comparación de geles 2D, que consta de tres módulos principales. El primer módulo permite el análisis de geles en base al peso molecular y el pH. Este módulo ayuda a calcular el peso molecular y el pH de una proteína haciendo clic en el punto correspondiente en la imagen de gel 2D. El segundo módulo permite la comparación de dos geles y presenta el resultado como una imagen superpuesta donde se pueden examinar las manchas/proteínas en dos geles. La característica útil de este módulo es que permite la comparación de imágenes de gel completo o áreas o puntos de gel especificados por el usuario. Además de esto, también permite hacer zoom y otras transformaciones de imágenes, como el brillo y la mejora del contrato. El tercer módulo es una interfaz a la base de datos de imágenes de gel 2-D mantenidas localmente. La base de datos consta de información sobre más de 3500 imágenes de gel 2-D bien anotadas obtenidas de bases de datos públicas y literatura. El servidor permite la búsqueda de geles de la base de datos por palabra clave. El servidor web AC2Dgel está disponible para el público en http://www1.imtech.res.in/raghava/ac2dgel/.