Revista Internacional de Avances en Tecnología
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abstracto

Un algoritmo evolutivo estructurado para la identificación de sitios de unión de factores de transcripción en secuencias de ADN no alineadas

Shripal Vijayvargiya, Pratyoosh Shukla

Identificación de sitios de unión de factores de transcripción (TFBS), también llamados motivos, de la región aguas arriba de genes sigue siendo un problema muy importante y sin resolver, especialmente en los genomas de eucariotas superiores. En este artículo, proponemos un enfoque evolutivo para identificar los sitios de unión del factor de transcripción. Este enfoque se basa en el algoritmo genético estructurado. En este enfoque, un individuo se representa como un árbol estructurado que nos ayuda a encontrar motivos de longitud variable. Un GA simple solo puede encontrar un motivo de longitud fija mientras que el método propuesto puede encontrar motivos de longitud variable. Aplicamos este enfoque en varios conjuntos de datos y los resultados muestran que puede encontrar resultados correctos tanto efectivos como eficientes para enlazar sitios.