Revista de Ciencias Teóricas y Computacionales
Acceso abierto

abstracto

Una investigación para predecir la base del factor B en la secuencia de proteínas

Runyu Jing, Yuelong Wang, Yiming Wu, Yongpan Hua, Xu Dai1 y Menglong Li

El factor B, también llamado factor Debye-Waller o factor de temperatura, es un descriptor de la flexibilidad de la proteína y se usa comúnmente en PDB (Banco de datos de proteínas) archivos de formato. Un factor B podría medirse a partir de un cristal de proteína mediante dispersión de rayos X, pero no podría obtenerse directamente de la secuencia de la proteína. Por lo tanto, predecir el factor B solo en función de la secuencia de la proteína podría proporcionar algunas referencias para los investigadores relacionados. En este estudio, intentamos predecir el factor B en función de la secuencia de la proteína. La información del índice AA y la estructura secundaria de la proteína predicha, la accesibilidad relativa, el desorden y los cambios de energía se utilizan para describir los residuos de aminoácidos. Se utilizan cuatro métodos de aprendizaje automático para el modelado y la predicción. La validación cruzada de 5 veces se utiliza para evaluar el rendimiento del modelo. Como resultado, este trabajo proporcionó algunos métodos nuevos para predecir y analizar el factor B en función de la secuencia de la proteína, y esperamos que este trabajo pueda ser útil para las investigaciones relacionadas.