Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Un gráfico de hidrofilia basado en Python para evaluar las regiones expuestas y enterradas de una proteína

P. Pandarinath, A. Appa Rao y G. Lavanya Devi

La predicción de las regiones antigénicas de una proteína es de suma importancia para evaluar los estados de una cadena polipeptídica como regiones expuestas o enterradas. Esto se puede lograr calculando y trazando la hidrofilicidad de una proteína usando valores de la escala de Hoop-Woods. Por lo tanto, en este artículo, informamos un gráfico de hidrofilicidad de la secuencia de aminoácidos de la escala de Hoop-Woods de una proteína en su eje x, y el grado de hidrofobicidad o hidrofilicidad en su eje y utilizando el lenguaje python como arquitectura mediante la utilización de varios atributos funcionales como como módulos scipy, matplot y numpy. Se ha informado de un estudio de caso utilizando la enzima siallidasa-4. El código del programa puede estar disponible bajo petición.