Revista de Inmunología Clínica y Celular
Acceso abierto

abstracto

Análisis filogenómico del patrón de transmisión del VIH entre grupos de alto riesgo del noroeste de la India

Chandar Kanta Chauhan, PVM Lakshmi1, Phulen Sarma, Vivek Sagar, Aman Sharma, Sunil K.Arora, Rajesh Kumar*

Antecedentes: Las técnicas moleculares pueden mejorar el poder de las investigaciones epidemiológicas para rastrear las redes de transmisión del VIH. Esta información podría ser útil para desarrollar estrategias de prevención de la transmisión del VIH. Por ello, llevamos a cabo un estudio sobre los patrones de transmisión entre los casos de VIH recién diagnosticados en los grupos de alto riesgo del noroeste de la India utilizando métodos filogenómicos.

Métodos: Se realizó un análisis filogenómico entre 37 muestras seleccionadas al azar de HRG recientemente infectados identificados a través del Algoritmo de Prueba de Infecciones Recientes (RITA) utilizando el Ensayo de Avidez de Antígeno Limitante. Se realizó la amplificación de la región de transcriptasa inversa del gen pol (540 pares de bases) y la secuenciación. Las secuencias de referencia se extrajeron de la base de datos HIV Los Alamos. Las secuencias alineadas por Clustal W y el subtipo HIV-1 se determinaron sobre la base del análisis filogenómico de la secuencia pol. Los árboles filogenéticos se construyeron utilizando MEGA (versión 11.0).

Resultados: La filogenia muestra claramente que los aislamientos del estudio RTFSWCHD y RTFSWPB007 se agrupan y están relacionados con las secuencias de referencia indias AY746371 y EU683781 y una secuencia nepalí KX430115. Los otros aislamientos del estudio (RTFSWCHD001, RTFSWPB005, RTFSWCHD002, RTFSWPB006, RTFSWHR008, RTFSWHR009) se agruparon de forma única entre sí sin ningún vínculo con otras referencias. Un aislamiento del estudio (RTFSWHP004) se agrupó estrechamente con el aislamiento zimbabuense AY998351. La filogenia muestra que el aislado de estudio MSMCHD005 se relaciona por separado con las referencias de la India (DQ838761, EU683781 y AY746371), pero también está muy relacionado con las referencias de China (HG421606, JQ658754), Nepal (JN023039) y Myanmar (N223216, JN223183, KC913773). Otros aislados de estudio (MSMCHD003, MSMHP007, MSMCHD004, MSMPB001, MSMPB002 y MSMHR006) están altamente interrelacionados entre sí y forman juntos un clado único separado. El árbol evolutivo muestra que todas las secuencias del estudio actual formaron un linaje monofilético, es decir, las secuencias de la India se agruparon más que con las secuencias de cualquier otro país. Las secuencias estudiadas mostraron relación únicamente con las referencias de Nepal KX430115 y JN023035. Las referencias de Sudáfrica, Reino Unido, Noruega, China y Myanmar se agrupan en un clado separado.

Conclusión: Los métodos epidemiológicos moleculares fueron capaces de revelar redes de transmisión; por lo tanto, los métodos filogenómicos pueden utilizarse en la vigilancia centinela del VIH para monitorear las redes de transmisión.