Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Un paradigma novedoso para la ontología de interacción entre células y moléculas: del modelo CMM a la ONTOLOGÍA IMGT

Marie-Paule Lefranc, Pier-Luigi Lollini, Santo Motta

Antecedentes: la biología avanza rápidamente hacia el círculo virtuoso de otras disciplinas: de los datos al modelado cuantitativo y de vuelta a los datos. Los modelos suelen ser desarrollados por matemáticos, físicos e informáticos para traducir el conocimiento biológico cualitativo o semicuantitativo en un enfoque cuantitativo. Para eliminar la confusión semántica entre la biología y otras disciplinas, es necesario tener una lista de los conceptos más importantes y de uso frecuente definidos coherentemente. Resultados: Proponemos un paradigma novedoso para generar nuevos conceptos para una ontología, a partir del modelo en lugar de desarrollar una base de datos. Aplicamos ese enfoque para generar conceptos para la interacción entre células y moléculas a partir de un modelo basado en agentes. Este esfuerzo proporciona una infraestructura sólida que es útil para superar las ambigüedades semánticas que surgen entre biólogos y matemáticos, físicos e informáticos, cuando interactúan en un campo multidisciplinario. Conclusiones: Este esfuerzo representa el primer intento de vincular la ontología molecular con la ontología celular, en IMGTONTOLOGY, la ontología bien establecida en inmunogenética e inmunoinformática, y un paradigma para la biología de las ciencias de la vida. Con el uso cada vez mayor de modelos en biología y medicina, la necesidad de vincular diferentes niveles, desde moléculas hasta células, tejidos y órganos, es cada vez más importante.