Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Un enfoque multidimensional para explorar el uso de un reticulador heterobifuncional pequeño basado en un metabolito de la ruta de la quinurenina

Sujeet Kumar Thakur, Mitul Srivastava, Ankur Kumar, Renu Goel, Shailendra Asthana y Sambasivan Venkat Eswaran

Este estudio describe el uso de un nuevo reticulador heterobifuncional pequeño para el entrecruzamiento de proteínas (p. ej., lisozima). Este crosslinker se basa en el ácido 3-hidroxi antranílico (3HAA) que forma parte de la vía de la quinurenina de la degradación del triptófano. 3HAA se encuentra en cantidades mejoradas en estados de enfermedad en el cuerpo humano. Los reticuladores pequeños capturan mejor las interfaces de proteínas que interactúan, mientras que los más grandes son más útiles para identificar a los socios que interactúan. El nuevo agente de entrecruzamiento descrito aquí, funciona presumiblemente a través de un ‘de larga duración’ transitorio, lo que conduce a una mayor tasa de reticulación intermolecular, que de otro modo es difícil de lograr. Contiene un grupo azido fotolábil y un grupo N-hidroxisuccinimida (NHS) reactivo con amina. La reticulación exitosa en dos pasos (incubación seguida de fotólisis (366 nm, lámpara UV de 6 W), se ha confirmado mediante SDS-PAGE, ESI-MS/MS y análisis bioinformático a través de StavroX 3.6.0.1 Docking seguido de estudios de simulación de dinámica molecular, han proporcionó información estructural detallada sobre la formación del "dímero" de la lisozima. Se han obtenido conclusiones idénticas, utilizando dos software diferentes y proporcionando una vista 3D más refinada de las interfaces durante las interacciones proteína-proteína.