Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Un método para el aislamiento y análisis proteómico de vesículas de membrana externa a partir de muestras fecales mediante LC-MS/MS

Jing Wu, Mingrui An, Jianhui Zhu, Zhijing Tan, Grace Y. Chen, Ryan W Stidham y David M. Lubman

Las vesículas de membrana externa (OMV) son esferas de tamaño nanométrico secretadas por bacterias que son similares a las vesículas conocidas como exosomas, que son secretada por la mayoría de los tipos de células de mamíferos. A diferencia de muchos estudios que se centran en la optimización de métodos para enriquecer los exosomas a partir de fluidos biológicos, se han realizado pocos estudios para investigar las vesículas de la membrana externa de las muestras fecales. En este documento, hemos desarrollado una tubería compuesta por filtración por membrana y múltiples ciclos de ultracentrifugación (UC) para aislar OMV de muestras fecales para el análisis de proteómica, donde se requieren múltiples ciclos de UC para la eliminación de contaminantes. Mediante el análisis proteómico cuantitativo de marcado iTRAQ, se compararon diferentes tamaños de filtro (0,22 µm y 0,45 µm) en cuanto a su rendimiento para enriquecer las OMV y eliminar la materia fecal de fondo. Utilizando el filtro de 0,45 µm, se obtuvo un rendimiento proteico ligeramente superior pero no se identificaron proteínas contaminantes adicionales de bacterias en comparación con las del filtro de 0,22 µm. El filtro de 0,45 µm junto con los múltiples ciclos de UC se usaron así para aislar las OMV para el análisis proteómico. Hasta donde sabemos, este es el primer estudio que perfila una gran cantidad de proteínas OMV de muestras fecales. Tales capacidades pueden ayudar a proporcionar información valiosa para comprender la comunicación entre el huésped y la microbiota, que es fundamental para prevenir el cáncer y el desarrollo de enfermedades.