Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Un análisis de todo el genoma de la familia de genes AAAP en el maíz

Lei Sheng, Lin Deng, Hanwei Yan, Yang Zhao, Qing Dong, Qian Li, Xiaoyu Li, Beijiu Cheng y Haiyang Jiang

Los genes AAAP (aminoácido/auxina permeasa) codifican una gran familia de transportadores. Se han caracterizado algunos miembros de la familia AAAP en Arabidopsis thaliana y arroz (Oryza sativa). Sin embargo, se sabe poco sobre los genes AAAP en el maíz (Zea mays). Por lo tanto, realizamos un análisis bioinformático sistemático para caracterizar todos los genes AAAP en el maíz, que incluyó el análisis de la secuencia del genoma, los dominios de proteínas conservados, las ubicaciones cromosómicas, las relaciones filogenéticas, las duplicaciones de genes y los perfiles de expresión de genes. En este estudio, se identificaron setenta y un genes ZmAAAP y se denominaron ZmAAAP01 a ZmAAAP71. El número de genes AAAP en maíz es mayor que el número en Arabidopsis thaliana (43) y en arroz (58). Encontramos un mayor porcentaje de duplicaciones del gen AAAP en el genoma del maíz, lo que contribuyó a la expansión de la familia de genes AAAP. Además, las duplicaciones segmentarias desempeñaron un papel importante en la expansión del gen AAAP en el maíz. Los genes AAAP están distribuidos de manera desigual en los 10 cromosomas del maíz, y 31 de ellos están distribuidos dentro de 12 grupos en los cromosomas segmentarios. Tanto el análisis de EST como los datos del transcriptoma indicaron que la mayoría de los genes ZmAAAP exhibieron abundantes patrones de expresión, lo que sugiere funciones diversas y novedosas de la familia de genes AAAP en el maíz. Los resultados presentados aquí brindan información útil para un análisis funcional adicional de la familia de genes AAAP en el maíz.