Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Una estrategia de separación por electroforesis de flujo libre para la segregación de ficobilisomas muy abundantes de Cyanobacterium Nostoc punctiforme PCC 73102

Nishikant V Wase, Saw Yen Ow, Malinda Salim, Mikkel Nissum, Mike Whalley y Phillip C Wright

Por lo general, el análisis proteómico de las cianobacterias tiene una resolución dinámica limitada debido a la presencia de abundantes proteínas. Por lo tanto, la evaluación proteómica de las proteínas de baja abundancia en las cianobacterias es difícil, ya que comprende ficobilisoma y Rubisco. La investigación actual evalúa el rendimiento de FFE en el modo de enfoque isoeléctrico (IEF): una técnica basada en soluciones que separa las proteínas en función del punto isoeléctrico (pI). Exploramos las ventajas de combinar el fraccionamiento robusto de proteínas usando FFE y 1D-LC-MS/MS para extender la identificación de proteínas más profundamente a través del rango dinámico de la cianobacteria modelo, Nostoc punctiforme PCC 73102. Sesenta y una nuevas proteínas novedosas (de 248 (todas identificados con ≥ 2 péptidos)) se identificaron con éxito utilizando FFE-IEF en comparación con todos los informes anteriores. Los resultados demuestran la capacidad de FFE para proporcionar distribuciones de proteínas mejoradas, al mismo tiempo que proporciona una segregación eficaz de ficobilisomas muy abundantes para permitir el acceso a 37 proteínas de baja abundancia (pI > 9) en el proteoma de N. punctiforme, que son difíciles de observar utilizando métodos convencionales. .