Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Una tubería computacional para generar motivos de unión al MHC

Peng Wang, John Sidney, Alessandro Sette, Bjoern Peters

Antecedentes: las moléculas del complejo principal de histocompatibilidad (MHC) de clase I desempeñan un papel clave en la inmunidad del huésped contra los patógenos al presentar antígenos peptídicos a las células T CD8+. Existen muchas variantes de moléculas MHC, y cada una tiene una preferencia única por ciertos ligandos peptídicos. Tanto los enfoques experimentales como los algoritmos computacionales se han utilizado para analizar estas características de unión al péptido MHC. Tradicionalmente, las especificidades de unión al MHC se han descrito en términos de motivos de unión. Dichos motivos clasifican ciertas posiciones de péptidos como anclas primarias y secundarias según su impacto en la unión, y enumeran los residuos preferidos y perjudiciales en estas posiciones. Esto proporciona un resumen conciso y fácilmente comunicable de las especificidades de unión al MHC. Sin embargo, hasta ahora no ha habido ningún algoritmo para generar dichos motivos de unión de forma automatizada y uniforme. Resultados: En este documento, presentamos una tubería computacional que toma datos de unión de péptidos MHC como entrada y produce un motivo de unión MHC conciso. Probamos nuestra tubería en un conjunto de 18 moléculas MHC de clase I y demostramos que los motivos derivados son consistentes con las asignaciones históricas de expertos. Conclusiones: Hemos implementado un pipeline que codifica formalmente reglas para generar motivos de unión al MHC. La tubería se incorporó a la base de datos de epítopos inmunes y al recurso de análisis (IEDB) y los motivos se pueden visualizar mientras se exploran los alelos del MHC en el IEDB.