Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Una comparación de dos métodos para el mapeo de epítopos de células T: "sin células" in vitro versus inmunoinformática

Timothy J. Messitt, Frances Terry, Leonard Moise, William Martin, Anne S. De Groot

Antecedentes

Los métodos para identificar epítopos de células T fisiológicamente relevantes son de vital importancia para el desarrollo de vacunas y el diseño de proteínas terapéuticas. A medida que aumenta el número de proteínas que se evalúan para determinar su supuesta inmunogenicidad, hay una gran demanda de herramientas rápidas y precisas. Se han desarrollado varios métodos para identificar epítopos de células T, el más reciente de los cuales es un sistema libre de células que consta de un conjunto mínimo de proteasas incubadas con HLA DRB1*0101, HLA-DM y antígeno completo. El aislamiento y la secuenciación de los péptidos unidos a HLA mediante espectrometría de masas permiten la identificación prospectiva de epítopos de células T inmunodominantes.

Resultados

Presentamos aquí una comparación de este sistema de procesamiento de antígenos in vitro sin células con un enfoque inmunoinformático que utiliza el algoritmo EpiMatrix. Nuestra comparación revela que además de identificar un conjunto similar de epítopos para el sistema libre de células, el enfoque de inmunoinformática identifica prospectivamente más epítopos HLADRB1*0101 y puede analizar simultáneamente múltiples alelos HLA. Conclusiones Aunque el sistema sin células incorpora el procesamiento de antígenos y la unión del MHC, el enfoque de inmunoinformática identifica muchos epítopos validados con un alto grado de precisión y se puede realizar mucho más rápido con muchos menos recursos.