Revista de Proteómica y Bioinformática
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abstracto

Un método de aislamiento de proteínas asistido por cloroformo seguido de NanoLC-MS capilar identifica proteínas reguladas por estrógenos de células MCF7

Adaikkalam Vellaichamy, Chin-Yo Lin, Thin Thin Aye, Govindarajan R. Kunde, Alexey I. Nesvizhskii, Edison T. Liu y Siu Kwan Sze

Los métodos de aislamiento de proteínas no comerciales más comúnmente informados requieren el uso de detergentes y/o caotropos para un mejor rendimiento, y todos necesitan pasos adicionales de purificación o limpieza para el posterior análisis de espectrometría de masas. Además, no existe un procedimiento simple disponible para obtener proteínas solubles y de membrana a partir de la misma muestra. Aquí describimos un método de aislamiento de proteínas asistido por cloroformo (ChlAPI) simple y sin detergente para células y tejidos de mamíferos, y demostramos su idoneidad para el análisis de proteoma basado en espectrometría de masas. En este método de un solo paso, las células cultivadas o el tejido molido se mezclaron en cloroformo al 10 % en tampón de bicarbonato de amonio para separar el proteoma celular completo en capas bifásicas. El número total de proteínas de la fase acuosa, según lo evaluado por 2DE, fue comparable a las proteínas aisladas con tampón que contiene detergente de uso común. El análisis de proteómica de escopeta de las fracciones de proteoma de fase acuosa y orgánica de células MCF7 mediante LC-MS/MS dio como resultado la identificación de un total de 752 y 593 proteínas, respectivamente, de la base de datos de proteínas humanas del IPI. Entre el total de 1134 proteínas distintas y no redundantes, se predijo que el 29,5 % estarían localizados en la membrana; El 78% de ellos se identificaron a partir de la fracción de fase orgánica. La aplicación de este nuevo procedimiento a las células MCF tratadas con estrógeno conduce a la identificación de productos génicos de respuesta a estrógenos previamente conocidos y desconocidos. Estos hallazgos sugieren que el método ChlAPI simple y económico que se describe aquí es adecuado para el aislamiento de proteínas de muestras de mamíferos y es fácilmente compatible con los análisis 2DE y LC-MS/MS.