Revista internacional de minería de datos biomédicos
Acceso abierto

abstracto

Una estrategia quimioproteómica para la identificación directa y del sitio diana del inhibidor covalente de proteoma amplio

Jarrod A Marto

Resumen

A pesar de los recientes éxitos clínicos de los fármacos irreversibles, las toxicidades potenciales mediadas por la modificación impredecible de las cisteínas fuera del objetivo representan un serio obstáculo para la expansión de los programas de fármacos covalentes. Comprender el perfil de unión de todo el proteoma de los inhibidores covalentes puede acelerar significativamente su desarrollo; sin embargo, las estrategias de espectrometría de masas actuales normalmente no proporcionan una lectura inmediata del nivel de aminoácidos de la actividad covalente para inhibidores selectivos complejos. Aquí informamos sobre el desarrollo de CITe-Id, un enfoque quimioproteómico completamente único que emplea inhibidores farmacológicos covalentes como reactivos de enriquecimiento junto con una plataforma proteómica optimizada para cuantificar directamente la unión dependiente de la dosis en cisteína-tioles en el proteoma. El análisis CITe-Id de nuestro inhibidor irreversible de CDK THZ1 identificó una modificación covalente dependiente de la dosis de varias quinasas inesperadas, incluida una cisteína no anotada previamente (C840) en la quinasa PKN3 poco estudiada. Estos datos agilizaron nuestro desarrollo de JZ128 como inhibidor covalente selectivo de reemplazo de PKN3. Usando JZ128 como compuesto de búsqueda, identificamos nuevos sustratos potenciales de PKN3, ofreciendo así una vista molecular inicial de la actividad celular de PKN3. CITe-Id proporciona un sólido complemento a las plataformas quimioproteómicas actuales para caracterizar la selectividad de los inhibidores covalentes, identificar nuevos tioles de cisteína farmacológicamente direccionables e informar los programas de diseño de fármacos basados en la estructura.< /span>