Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Clasificación de pliegues de proteínas con caracteres torsionales de la columna vertebral utilizando análisis discriminante lineal multiclase

Se-Eun Bae, Sunghoon Jung, Insung Ahn y Hyeon S Son

La clasificación de las estructuras de las proteínas proporciona información preliminar para los análisis teóricos más detallados. La información clasificada de los pliegues de las proteínas podría utilizarse para la alineación estructural, mientras que la predicción de la clase de pliegues podría ayudar a la predicción ab inito de las estructuras de las proteínas. Aquí, se realizó la predicción de la clase de pliegue estructural de proteínas con biblioteca de perfil de estructura secundaria basada en ángulo de torsión y análisis discriminante lineal multiclase. Se utilizó el método de todos contra todos para sortear el problema del desequilibrio de datos del enfoque de uno contra otros. A partir de archivos de estructura no redundantes, se construyó una biblioteca de perfil de estructura secundaria de tripéptidos y se usó para calcular el contenido de estructura secundaria probable de los pliegues de proteína. Las matrices media y de covarianza de las clases de referencia del conjunto de entrenamiento se derivaron utilizando esta biblioteca. Sobre la base de esta información, se predijeron las clases de plegamiento de las proteínas del conjunto de prueba utilizando un análisis discriminante lineal multiclase. El resultado fue muy preciso de acuerdo con las bajas tasas de error. Esta predicción de clase de pliegue altamente precisa podría utilizarse más en la aplicación de predicciones de estructuras secundarias que aprovechan los beneficios de ventanas de escrutinio más grandes. También se ha demostrado en parte la idoneidad de la representación del ángulo de torsión en el análisis de la estructura local.