Revista de metabolismo de fármacos y toxicología
Acceso abierto

abstracto

Predicción de aglutinantes de péptidos MHC antigénicos y aglutinante TAP de la proteína COX1 a través del enfoque in silico

Mishra S y Gomase VS

En el análisis actual, la secuencia de la proteína de la subunidad I de la citocromo c oxidasa (CO1 o MT-CO1) se ha utilizado para estudie el péptido antigénico de unión al MHC, la predicción del péptido antigénico a través de diferentes métodos de predicción de células B, la accesibilidad del solvente proteico, los residuos polares y no polares para analizar las regiones que probablemente estén expuestas en la superficie de la proteína. A partir de la proteína, el fragmento peptídico se puede utilizar para analizar y se puede seleccionar un noámero específico para el diseño racional de la vacuna. En esta investigación, se aplican los algoritmos PSSM y SVM para encontrar péptidos de unión a MHC I y MHC II. También predijimos los péptidos de unión a TAP de alta afinidad de la proteína CO1 de GWD, que tienen 205 aminoácidos que muestran 197 nonámeros. A partir de los resultados seleccionados, predecimos que, las posibilidades de que el péptido antigénico de la proteína de la subunidad I (mitocondria) de la citocromo c oxidasa pueda desempeñar un papel importante y podría ser el candidato más adecuado para el desarrollo de vacunas de subunidades sobre la base del hallazgo de que, con un solo epítopo, la respuesta inmune se puede generar en una gran población.