Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Predicción de motivos para distinguir genes de macrófagos proinflamatorios y antibacterianos estimulados por LPS

Rahul K Kollipara

Antecedentes: la inmunidad innata es la primera línea de defensa que ofrecen las células huésped a las infecciones. Los macrófagos implicados en la inmunidad innata son estimulados por lipopolisacáridos (LPS), que se encuentran en la superficie de las células bacterianas, para expresar una serie compleja de productos génicos. La estimulación persistente de LPS hace que un macrófago sea tolerante a LPS con regulación negativa de genes inflamatorios ("proinflamatorios") mientras expresa continuamente genes para combatir la infección bacteriana ("antibacteriano"). Las interacciones de los factores de transcripción (TF) en sus sitios de unión a TF afines (TFBS) en los genes expresados son importantes en las redes reguladoras transcripcionales que controlan estos paradigmas de expresión proinflamatorios y antibacterianos involucrados en la estimulación de LPS. Resultados: Utilizamos patrones de expresión diferencial en un conjunto de datos de micromatrices de dominio público de macrófagos estimulados por LPS para identificar 228 genes proinflamatorios y 18 antibacterianos. Empleando tres herramientas de búsqueda de motivos diferentes, predijimos respectivamente cuatro y una interacciones TF-TFBS estadísticamente significativas de los conjuntos de genes proinflamatorios y antibacterianos. Se utilizó la literatura biológica para identificar los genes diana para los cuatro TF de perfil proinflamatorio predichos a partir de las tres herramientas, y se observó que 18 de estos genes diana seguían el patrón de expresión proinflamatoria en los datos de microarrays originales. Conclusiones: Nuestro análisis distinguió firmas transcriptómicas proinflamatorias frente a antibacterianas que clasificaron sus respectivos patrones de expresión génica y las interacciones TF-TFBS correspondientes en macrófagos estimulados por LPS. Al hacerlo, este estudio ha intentado caracterizar las diferencias temporales en la expresión génica asociada con la tolerancia al LPS, un importante fenómeno inmunitario implicado en varios trastornos patológicos.