Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Métodos para el desarrollo de algoritmos de secuenciación de novo

susana williams

De novo La secuenciación de péptidos es el método para determinar una secuencia de aminoácidos peptídicos a partir de espectrometría de masas en tándem en espectrometría de masas. Para investigar la actividad biológica de una proteína, es fundamental conocer la secuencia de aminoácidos de los péptidos de un digerido de proteínas. El proceso de degradación de Edman se utilizó en el pasado para lograr esto. El uso de un espectrómetro de masas en tándem para resolver problemas de secuenciación de péptidos ahora está más extendido. En general, se utilizan dos metodologías: búsqueda en bases de datos y secuenciación de novo. La búsqueda en la base de datos es una forma simplificada en la que los datos del espectro de masas del péptido desconocido se envían y procesan para localizar una coincidencia con una secuencia peptídica conocida, y se elige el péptido con la puntuación de coincidencia más alta. Debido a que solo puede coincidir con secuencias existentes en la base de datos, este método no reconoce nuevos péptidos. La asignación de fragmentos de iones de un espectro de masas se conoce como secuenciación de novo. Para la interpretación, se utilizan muchos algoritmos y la mayoría de los instrumentos vienen con aplicaciones de secuenciación de novo.