Técnicas Avanzadas en Biología y Medicina
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abstracto

Análisis metagenómico del perfil molecular del cáncer de mama utilizando Genie, una herramienta de priorización de genes basada en la literatura: un enfoque novedoso

Amit Kumar Yadav y Vidya Jha

Antecedentes: La complejidad biológica y la heterogeneidad del cáncer de mama pueden explicarse mediante el perfil molecular. La técnica de microarrays es el método de elección para su estudio. Pero hay ciertas limitaciones. Las técnicas computacionales son un método novedoso para estudiar el perfil de expresión génica.

Materiales y método: Genie, un software basado en la web disponible gratuitamente, se utilizó para analizar la literatura, la información genética y de homología de las bases de datos MEDLINE, NCBI Gene y HomoloGene. Los datos proporcionados fueron especies objetivo (Homo sapiens) y temas biomédicos (cáncer de mama). De acuerdo con la entrada proporcionada, se priorizan los genes de las especies objetivo.

Resultados: La clasificación otorgada a 1906 genes informados no fue la esperada. Por lo tanto, se volvieron a clasificar manualmente según el número de aciertos. Estos se redujeron a 70. Las proteínas codificadas por estos genes y sus funciones se obtuvieron de la base de datos NCBI. Sobre la base de su función y papel en la carcinogénesis, estos genes se agruparon en distintas categorías.

Conclusión: se ha demostrado un nuevo enfoque computacional para estudiar el perfil molecular del cáncer de mama. Se ha sugerido un panel de 70 genes para estudiar el perfil de expresión génica del cáncer de mama. Estos genes evalúan exhaustivamente todos los aspectos de la patogenia molecular del cáncer de mama y se recomiendan para futuros estudios clínicos.