Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Vías principales de simplificación del proteoma en alfaherpesvirus bajo la influencia de la fuerte presión mutacional de GC

Vladislav V. Khrustalev y Eugene V. Barkovsky

La simplificación de la distribución del contenido de aminoácidos bajo la influencia de la fuerte presión mutacional tiene lugar en simplex y Proteínas del virus del varicelo codificadas por genes con contenido de GC superior al 60%. Probamos esta afirmación mediante el cálculo in-silico de la entropía de Shannon de la distribución del contenido de aminoácidos en todas las proteínas de diez virus símplex y varicela completamente secuenciados. La entropía de la distribución del contenido de aminoácidos disminuye debido al aumento del uso de GARP (glicina, alanina, arginina y prolina) debido a la disminución no solo de FYMINK (fenilalanina, tirosina, metionina, isoleucina, asparagina y lisina) sino también de otros aminoácidos. (codificado por codones con contenido promedio de GC). La treonina, la serina, la glutamina y la cisteína se sustituyen con frecuencia por GARP en proteínas codificadas por genes con G+C superior al 60 % (la treonina y la serina se sustituyen principalmente por la alanina, mientras que la glutamina y la histidina se sustituyen principalmente por la arginina). La cisteína, la valina y la leucina se sustituyen con frecuencia por GARP solo en proteínas codificadas por genes con G+C superior al 80%, probablemente debido a la mayor radicalidad de estas sustituciones. Los niveles de triptófano, ácido glutámico y aspártico no disminuyen bajo la influencia de la presión de GC, incluso en proteínas codificadas por genes con G+C superior al 80 %.